[Bioperl-guts-l] bioperl-live/t/data signalp.negative.out, NONE, 1.1 signalp.positive.out, NONE, 1.1

Torsten Seemann tseemann at dev.open-bio.org
Thu Sep 28 00:34:09 EDT 2006


Update of /home/repository/bioperl/bioperl-live/t/data
In directory dev.open-bio.org:/tmp/cvs-serv4814/t/data

Added Files:
	signalp.negative.out signalp.positive.out 
Log Message:
Example SignalP 3.0 output files. One found a signal peptide, the other didn't.


--- NEW FILE: signalp.negative.out ---
SignalP 3.0 Server - prediction results
Technical University of Denmark

Using neural networks (NN) and hidden Markov models (HMM) trained on Gram-negative bacteria

>my_fasta_id



SignalP-NN result:


>my_fasta_id  length = 70

# pos  aa    C       S       Y
    1   M   0.006   0.019   0.006
    2   K   0.006   0.016   0.006
    3   G   0.006   0.019   0.005
    4   N   0.006   0.012   0.005
    5   K   0.006   0.011   0.003
    6   E   0.007   0.014   0.000
    7   V   0.006   0.012   0.000
    8   L   0.007   0.012   0.000
    9   E   0.006   0.001   0.000
   10   I   0.007   0.015   0.000
   11   L   0.006   0.007   0.000
   12   G   0.006   0.011   0.000
   13   E   0.007   0.010   0.000
   14   V   0.006   0.002   0.000
   15   L   0.006   0.005   0.000
   16   S   0.007   0.058   0.000
   17   A   0.023   0.023   0.000
   18   E   0.024   0.019   0.000
   19   L   0.008   0.038   0.000
   20   T   0.009   0.036   0.000
   21   A   0.011   0.038   0.000
   22   I   0.060   0.049   0.000
   23   N   0.009   0.120   0.000
   24   Q   0.028   0.058   0.000
   25   Y   0.007   0.056   0.000
   26   F   0.009   0.070   0.000
   27   I   0.012   0.040   0.008
   28   H   0.011   0.055   0.010
   29   A   0.008   0.048   0.011
   30   K   0.354   0.033   0.086
   31   M   0.006   0.039   0.012
   32   N   0.016   0.051   0.022
   33   K   0.020   0.030   0.025
   34   N   0.008   0.060   0.017
   35   W   0.007   0.031   0.017
   36   G   0.007   0.021   0.017
   37   F   0.009   0.017   0.019
   38   K   0.007   0.026   0.017
   39   K   0.007   0.030   0.017
   40   L   0.006   0.033   0.015
   41   A   0.007   0.002   0.017
   42   D   0.008   0.001   0.017
   43   F   0.006   0.001   0.014
   44   M   0.006   0.001   0.014
   45   K   0.006   0.001   0.013
   46   R   0.006   0.000   0.012
   47   E   0.006   0.000   0.011
   48   S   0.006   0.000   0.011
   49   I   0.006   0.000   0.010
   50   D   0.007   0.000   0.010
   51   E   0.007   0.000   0.009
   52   M   0.006   0.000   0.007
   53   K   0.006   0.000   0.007
   54   H   0.006   0.000   0.006
   55   A   0.007   0.000   0.005
   56   D   0.010   0.000   0.005
   57   E   0.006   0.000   0.002
   58   V   0.007   0.000   0.001
   59   I   0.007   0.000   0.001
   60   D   0.006   0.000   0.001
   61   R   0.006   0.000   0.001
   62   I   0.006   0.000   0.000
   63   L   0.006   0.000   0.000
   64   Y   0.006   0.000   0.000
   65   L   0.006   0.000   0.000
   66   D   0.006   0.000   0.000
   67   G   0.006   0.000   0.000
   68   V   0.006   0.000   0.000
   69   P   0.006   0.000   0.000
   70   D   0.006   0.000   0.000


>my_fasta_id  length = 70
# Measure  Position  Value  Cutoff  signal peptide?
  max. C    30       0.354   0.52   NO
  max. Y    30       0.086   0.33   NO
  max. S    23       0.120   0.92   NO
  mean S     1-29    0.030   0.49   NO
       D     1-29    0.058   0.44   NO



SignalP-HMM result:


>my_fasta_id
# pos  aa    C       S      n-reg   h-reg   c-reg
    1   M   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
    2   K   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
    3   G   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
    4   N   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
    5   K   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
    6   E   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
    7   V   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
    8   L   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
    9   E   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   10   I   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   11   L   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   12   G   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   13   E   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   14   V   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   15   L   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   16   S   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   17   A   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   18   E   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   19   L   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   20   T   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   21   A   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   22   I   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   23   N   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   24   Q   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   25   Y   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   26   F   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   27   I   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   28   H   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   29   A   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   30   K   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   31   M   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   32   N   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   33   K   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   34   N   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   35   W   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   36   G   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   37   F   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   38   K   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   39   K   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   40   L   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   41   A   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   42   D   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   43   F   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   44   M   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   45   K   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   46   R   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   47   E   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   48   S   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   49   I   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   50   D   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   51   E   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   52   M   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   53   K   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   54   H   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   55   A   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   56   D   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   57   E   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   58   V   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   59   I   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   60   D   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   61   R   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   62   I   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   63   L   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   64   Y   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   65   L   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   66   D   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   67   G   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   68   V   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   69   P   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   70   D   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000


>my_fasta_id
Prediction: Non-secretory protein
Signal peptide probability: 0.000
Max cleavage site probability: 0.000 between pos. -1 and  0


--- NEW FILE: signalp.positive.out ---
     SignalP 3.0 Server - prediction results
        Technical University of Denmark





Using neural networks (NN) and hidden Markov models (HMM) trained on Gram-negative bacteria



>my_fasta_id



SignalP-NN result:


>my_fasta_id  length = 70

# pos  aa    C       S       Y
    1   M   0.006   0.512   0.022
    2   R   0.006   0.473   0.022
    3   I   0.006   0.324   0.020
    4   T   0.006   0.454   0.013
    5   I   0.006   0.588   0.005
    6   L   0.006   0.223   0.000
    7   A   0.006   0.339   0.000
    8   S   0.012   0.504   0.000
    9   V   0.006   0.642   0.000
   10   V   0.008   0.384   0.008
   11   I   0.007   0.212   0.012
   12   P   0.007   0.160   0.009
   13   C   0.007   0.263   0.000
   14   L   0.009   0.648   0.000
   15   G   0.006   0.594   0.016
   16   F   0.011   0.538   0.031
   17   S   0.007   0.598   0.028
   18   A   0.016   0.678   0.050
   19   S   0.026   0.717   0.075
   20   C   0.008   0.748   0.047
   21   M   0.010   0.755   0.059
   22   A   0.064   0.902   0.161
   23   A   0.916   0.225   0.678
   24   E   0.467   0.046   0.487
   25   D   0.016   0.042   0.089
   26   V   0.011   0.043   0.071
   27   M   0.007   0.048   0.053
   28   I   0.009   0.042   0.061
   29   V   0.009   0.041   0.062
   30   S   0.007   0.033   0.052
   31   A   0.007   0.026   0.052
   32   S   0.028   0.022   0.097
   33   G   0.007   0.014   0.046
   34   Y   0.043   0.010   0.107
   35   E   0.008   0.018   0.042
   36   K   0.011   0.031   0.046
   37   K   0.009   0.008   0.036
   38   L   0.009   0.015   0.029
   39   T   0.006   0.017   0.015
   40   N   0.006   0.012   0.013
   41   A   0.006   0.013   0.013
   42   A   0.008   0.004   0.014
   43   A   0.007   0.001   0.013
   44   S   0.007   0.000   0.012
   45   V   0.006   0.001   0.010
   46   S   0.006   0.000   0.009
   47   V   0.006   0.000   0.008
   48   I   0.006   0.000   0.008
   49   N   0.008   0.000   0.008
   50   Q   0.009   0.000   0.009
   51   E   0.007   0.000   0.007
   52   E   0.006   0.000   0.006
   53   L   0.006   0.000   0.005
   54   Q   0.007   0.000   0.005
   55   S   0.006   0.000   0.004
   56   S   0.007   0.000   0.003
   57   Q   0.006   0.000   0.003
   58   Y   0.006   0.000   0.001
   59   H   0.007   0.000   0.001
   60   D   0.007   0.000   0.001
   61   L   0.007   0.000   0.001
   62   A   0.007   0.000   0.001
   63   E   0.008   0.000   0.001
   64   A   0.006   0.000   0.001
   65   L   0.008   0.000   0.001
   66   R   0.006   0.000   0.001
   67   S   0.006   0.000   0.001
   68   V   0.006   0.000   0.001
   69   E   0.006   0.000   0.001
   70   G   0.007   0.000   0.001


>my_fasta_id  length = 70
# Measure  Position  Value  Cutoff  signal peptide?
  max. C    23       0.916   0.52   YES
  max. Y    23       0.678   0.33   YES
  max. S    22       0.902   0.92   NO
  mean S     1-22    0.512   0.49   YES
       D     1-22    0.595   0.44   YES
# Most likely cleavage site between pos. 22 and 23: CMA-AE



SignalP-HMM result:


>my_fasta_id
# pos  aa    C       S      n-reg   h-reg   c-reg
    1   M   0.000   1.000   1.000   0.000   0.000
    2   R   0.000   1.000   1.000   0.000   0.000
    3   I   0.000   1.000   1.000   0.000   0.000
    4   T   0.000   1.000   0.910   0.090   0.000
    5   I   0.000   1.000   0.572   0.428   0.000
    6   L   0.000   1.000   0.224   0.776   0.000
    7   A   0.000   1.000   0.011   0.989   0.000
    8   S   0.000   1.000   0.001   0.999   0.000
    9   V   0.000   1.000   0.000   1.000   0.000
   10   V   0.000   1.000   0.000   1.000   0.000
   11   I   0.000   1.000   0.000   1.000   0.000
   12   P   0.000   1.000   0.000   0.999   0.001
   13   C   0.000   1.000   0.000   0.997   0.003
   14   L   0.000   1.000   0.000   0.977   0.023
   15   G   0.000   1.000   0.000   0.849   0.151
   16   F   0.000   1.000   0.000   0.224   0.776
   17   S   0.000   1.000   0.000   0.000   1.000
   18   A   0.000   1.000   0.000   0.000   1.000
   19   S   0.000   1.000   0.000   0.000   1.000
   20   C   0.000   1.000   0.000   0.000   1.000
   21   M   0.000   1.000   0.000   0.000   1.000
   22   A   0.000   1.000   0.000   0.000   1.000
   23   A   1.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   24   E   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   25   D   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   26   V   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   27   M   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   28   I   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   29   V   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   30   S   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   31   A   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   32   S   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   33   G   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   34   Y   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   35   E   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   36   K   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   37   K   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   38   L   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   39   T   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   40   N   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   41   A   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   42   A   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   43   A   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   44   S   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   45   V   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   46   S   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   47   V   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   48   I   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   49   N   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   50   Q   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   51   E   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   52   E   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   53   L   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   54   Q   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   55   S   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   56   S   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   57   Q   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   58   Y   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   59   H   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   60   D   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   61   L   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   62   A   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   63   E   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   64   A   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   65   L   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   66   R   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   67   S   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   68   V   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   69   E   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
   70   G   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000


>my_fasta_id
Prediction: Signal peptide
Signal peptide probability: 1.000
Max cleavage site probability: 1.000 between pos. 22 and 23





More information about the Bioperl-guts-l mailing list