[Bioperl-guts-l] bioperl-live/t/data signalp.negative.out, NONE, 1.1 signalp.positive.out, NONE, 1.1
Torsten Seemann
tseemann at dev.open-bio.org
Thu Sep 28 00:34:09 EDT 2006
Update of /home/repository/bioperl/bioperl-live/t/data
In directory dev.open-bio.org:/tmp/cvs-serv4814/t/data
Added Files:
signalp.negative.out signalp.positive.out
Log Message:
Example SignalP 3.0 output files. One found a signal peptide, the other didn't.
--- NEW FILE: signalp.negative.out ---
SignalP 3.0 Server - prediction results
Technical University of Denmark
Using neural networks (NN) and hidden Markov models (HMM) trained on Gram-negative bacteria
>my_fasta_id
SignalP-NN result:
>my_fasta_id length = 70
# pos aa C S Y
1 M 0.006 0.019 0.006
2 K 0.006 0.016 0.006
3 G 0.006 0.019 0.005
4 N 0.006 0.012 0.005
5 K 0.006 0.011 0.003
6 E 0.007 0.014 0.000
7 V 0.006 0.012 0.000
8 L 0.007 0.012 0.000
9 E 0.006 0.001 0.000
10 I 0.007 0.015 0.000
11 L 0.006 0.007 0.000
12 G 0.006 0.011 0.000
13 E 0.007 0.010 0.000
14 V 0.006 0.002 0.000
15 L 0.006 0.005 0.000
16 S 0.007 0.058 0.000
17 A 0.023 0.023 0.000
18 E 0.024 0.019 0.000
19 L 0.008 0.038 0.000
20 T 0.009 0.036 0.000
21 A 0.011 0.038 0.000
22 I 0.060 0.049 0.000
23 N 0.009 0.120 0.000
24 Q 0.028 0.058 0.000
25 Y 0.007 0.056 0.000
26 F 0.009 0.070 0.000
27 I 0.012 0.040 0.008
28 H 0.011 0.055 0.010
29 A 0.008 0.048 0.011
30 K 0.354 0.033 0.086
31 M 0.006 0.039 0.012
32 N 0.016 0.051 0.022
33 K 0.020 0.030 0.025
34 N 0.008 0.060 0.017
35 W 0.007 0.031 0.017
36 G 0.007 0.021 0.017
37 F 0.009 0.017 0.019
38 K 0.007 0.026 0.017
39 K 0.007 0.030 0.017
40 L 0.006 0.033 0.015
41 A 0.007 0.002 0.017
42 D 0.008 0.001 0.017
43 F 0.006 0.001 0.014
44 M 0.006 0.001 0.014
45 K 0.006 0.001 0.013
46 R 0.006 0.000 0.012
47 E 0.006 0.000 0.011
48 S 0.006 0.000 0.011
49 I 0.006 0.000 0.010
50 D 0.007 0.000 0.010
51 E 0.007 0.000 0.009
52 M 0.006 0.000 0.007
53 K 0.006 0.000 0.007
54 H 0.006 0.000 0.006
55 A 0.007 0.000 0.005
56 D 0.010 0.000 0.005
57 E 0.006 0.000 0.002
58 V 0.007 0.000 0.001
59 I 0.007 0.000 0.001
60 D 0.006 0.000 0.001
61 R 0.006 0.000 0.001
62 I 0.006 0.000 0.000
63 L 0.006 0.000 0.000
64 Y 0.006 0.000 0.000
65 L 0.006 0.000 0.000
66 D 0.006 0.000 0.000
67 G 0.006 0.000 0.000
68 V 0.006 0.000 0.000
69 P 0.006 0.000 0.000
70 D 0.006 0.000 0.000
>my_fasta_id length = 70
# Measure Position Value Cutoff signal peptide?
max. C 30 0.354 0.52 NO
max. Y 30 0.086 0.33 NO
max. S 23 0.120 0.92 NO
mean S 1-29 0.030 0.49 NO
D 1-29 0.058 0.44 NO
SignalP-HMM result:
>my_fasta_id
# pos aa C S n-reg h-reg c-reg
1 M 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
2 K 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
3 G 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
4 N 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
5 K 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
6 E 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
7 V 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
8 L 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
9 E 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
10 I 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
11 L 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
12 G 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
13 E 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
14 V 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
15 L 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
16 S 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
17 A 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
18 E 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
19 L 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
20 T 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
21 A 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
22 I 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
23 N 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
24 Q 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
25 Y 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
26 F 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
27 I 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
28 H 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
29 A 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
30 K 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
31 M 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
32 N 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
33 K 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
34 N 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
35 W 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
36 G 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
37 F 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
38 K 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
39 K 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
40 L 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
41 A 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
42 D 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
43 F 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
44 M 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
45 K 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
46 R 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
47 E 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
48 S 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
49 I 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
50 D 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
51 E 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
52 M 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
53 K 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
54 H 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
55 A 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
56 D 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
57 E 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
58 V 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
59 I 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
60 D 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
61 R 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
62 I 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
63 L 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
64 Y 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
65 L 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
66 D 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
67 G 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
68 V 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
69 P 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
70 D 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
>my_fasta_id
Prediction: Non-secretory protein
Signal peptide probability: 0.000
Max cleavage site probability: 0.000 between pos. -1 and 0
--- NEW FILE: signalp.positive.out ---
SignalP 3.0 Server - prediction results
Technical University of Denmark
Using neural networks (NN) and hidden Markov models (HMM) trained on Gram-negative bacteria
>my_fasta_id
SignalP-NN result:
>my_fasta_id length = 70
# pos aa C S Y
1 M 0.006 0.512 0.022
2 R 0.006 0.473 0.022
3 I 0.006 0.324 0.020
4 T 0.006 0.454 0.013
5 I 0.006 0.588 0.005
6 L 0.006 0.223 0.000
7 A 0.006 0.339 0.000
8 S 0.012 0.504 0.000
9 V 0.006 0.642 0.000
10 V 0.008 0.384 0.008
11 I 0.007 0.212 0.012
12 P 0.007 0.160 0.009
13 C 0.007 0.263 0.000
14 L 0.009 0.648 0.000
15 G 0.006 0.594 0.016
16 F 0.011 0.538 0.031
17 S 0.007 0.598 0.028
18 A 0.016 0.678 0.050
19 S 0.026 0.717 0.075
20 C 0.008 0.748 0.047
21 M 0.010 0.755 0.059
22 A 0.064 0.902 0.161
23 A 0.916 0.225 0.678
24 E 0.467 0.046 0.487
25 D 0.016 0.042 0.089
26 V 0.011 0.043 0.071
27 M 0.007 0.048 0.053
28 I 0.009 0.042 0.061
29 V 0.009 0.041 0.062
30 S 0.007 0.033 0.052
31 A 0.007 0.026 0.052
32 S 0.028 0.022 0.097
33 G 0.007 0.014 0.046
34 Y 0.043 0.010 0.107
35 E 0.008 0.018 0.042
36 K 0.011 0.031 0.046
37 K 0.009 0.008 0.036
38 L 0.009 0.015 0.029
39 T 0.006 0.017 0.015
40 N 0.006 0.012 0.013
41 A 0.006 0.013 0.013
42 A 0.008 0.004 0.014
43 A 0.007 0.001 0.013
44 S 0.007 0.000 0.012
45 V 0.006 0.001 0.010
46 S 0.006 0.000 0.009
47 V 0.006 0.000 0.008
48 I 0.006 0.000 0.008
49 N 0.008 0.000 0.008
50 Q 0.009 0.000 0.009
51 E 0.007 0.000 0.007
52 E 0.006 0.000 0.006
53 L 0.006 0.000 0.005
54 Q 0.007 0.000 0.005
55 S 0.006 0.000 0.004
56 S 0.007 0.000 0.003
57 Q 0.006 0.000 0.003
58 Y 0.006 0.000 0.001
59 H 0.007 0.000 0.001
60 D 0.007 0.000 0.001
61 L 0.007 0.000 0.001
62 A 0.007 0.000 0.001
63 E 0.008 0.000 0.001
64 A 0.006 0.000 0.001
65 L 0.008 0.000 0.001
66 R 0.006 0.000 0.001
67 S 0.006 0.000 0.001
68 V 0.006 0.000 0.001
69 E 0.006 0.000 0.001
70 G 0.007 0.000 0.001
>my_fasta_id length = 70
# Measure Position Value Cutoff signal peptide?
max. C 23 0.916 0.52 YES
max. Y 23 0.678 0.33 YES
max. S 22 0.902 0.92 NO
mean S 1-22 0.512 0.49 YES
D 1-22 0.595 0.44 YES
# Most likely cleavage site between pos. 22 and 23: CMA-AE
SignalP-HMM result:
>my_fasta_id
# pos aa C S n-reg h-reg c-reg
1 M 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
2 R 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
3 I 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
4 T 0.000 1.000 0.910 0.090 0.000
5 I 0.000 1.000 0.572 0.428 0.000
6 L 0.000 1.000 0.224 0.776 0.000
7 A 0.000 1.000 0.011 0.989 0.000
8 S 0.000 1.000 0.001 0.999 0.000
9 V 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
10 V 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
11 I 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
12 P 0.000 1.000 0.000 0.999 0.001
13 C 0.000 1.000 0.000 0.997 0.003
14 L 0.000 1.000 0.000 0.977 0.023
15 G 0.000 1.000 0.000 0.849 0.151
16 F 0.000 1.000 0.000 0.224 0.776
17 S 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
18 A 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
19 S 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
20 C 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
21 M 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
22 A 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
23 A 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
24 E 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
25 D 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
26 V 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
27 M 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
28 I 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
29 V 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
30 S 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
31 A 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
32 S 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
33 G 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
34 Y 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
35 E 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
36 K 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
37 K 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
38 L 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
39 T 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
40 N 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
41 A 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
42 A 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
43 A 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
44 S 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
45 V 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
46 S 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
47 V 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
48 I 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
49 N 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
50 Q 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
51 E 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
52 E 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
53 L 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
54 Q 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
55 S 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
56 S 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
57 Q 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
58 Y 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
59 H 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
60 D 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
61 L 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
62 A 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
63 E 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
64 A 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
65 L 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
66 R 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
67 S 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
68 V 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
69 E 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
70 G 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
>my_fasta_id
Prediction: Signal peptide
Signal peptide probability: 1.000
Max cleavage site probability: 1.000 between pos. 22 and 23
More information about the Bioperl-guts-l
mailing list