[Bioperl-guts-l] [15015] bioperl-live/trunk/t/SearchIO_blast.t: [bug 2663]

Christopher John Fields cjfields at dev.open-bio.org
Mon Nov 24 00:05:06 EST 2008


Revision: 15015
Author:   cjfields
Date:     2008-11-24 00:05:05 -0500 (Mon, 24 Nov 2008)

Log Message:
-----------
[bug 2663]
* BLAST data checked for correct seq_inds() positions; gap positions for translated sequences indicate the position just before the gap
* the third codon position (not the first) to be precise

Modified Paths:
--------------
    bioperl-live/trunk/t/SearchIO_blast.t

Modified: bioperl-live/trunk/t/SearchIO_blast.t
===================================================================
--- bioperl-live/trunk/t/SearchIO_blast.t	2008-11-24 05:02:31 UTC (rev 15014)
+++ bioperl-live/trunk/t/SearchIO_blast.t	2008-11-24 05:05:05 UTC (rev 15015)
@@ -499,10 +499,10 @@
             is($hsp->hit_string, 'MAGRIPRVFINDLLARTDIVDLIDARVKLKKQGKNFHACCPFHNEKTPSFTVNGEKQFYHCFGCGAHGNAIDFLMNYDKLEFVETVEELAAMHNLEVPFE----AGSGPSQIERHQRQTLYQLMDGLNTFYQQSL-QQPVATSARQYLEKRGLSHEVIARFAIGFAPPGWDNVLKRFGGNPENRQSLIDAGMLVTNDQGRSY-DRFRERVMFPIRDKRGRVIGFGGRVLGNDTPKYLNSPETDIFHKGRQLYGLYEAQQDNAEPNRLLVVEGYMDVVALAQYGINYAVASLGTSTTADHIQLLFRATNNVICCYDGDRAGRDAAWRALETALPYMTDGRQLRFMFLPDGEDPDTLVRKEGKEAFEARM-EQAMPLSAFLFNSLMPQVDLSTPDGRARLSTLALPLISQVPGETLR-IYLRQ');
             is($hsp->homology_string, 'M  RIP   ++ +    DIV++I   V+LKKQG+N+   CPFH E TPSF+V+ +KQ +HCFGCGA GN   FL   +   F E+V  LA  + ++ P +    +G+ P   E    Q + +  + L  FY   L        A  YL  RG + E+I  F IG+A   WD + K       +   +  AG+L+  + G  Y DRFR RVMFPI D  G V+ F GR LG+  PKY+NSPET +FHK + LY  Y+A+    +  R ++ EG+ DV       +  ++A++GTS T DH+++L R    +I CYD D+AG +A  +A E        G ++R   +PDG DPD  ++K G E F+  + + ++ + AF         +LS    R       L  IS + G   + +Y++Q');
             is(join(' ', $hsp->seq_inds('query', 'nomatch',1)), '24-29 39-47 54-56 60-71 90-98 129-137 150-152 156-158 180-182 192-194 219-221 228-236 243-251 255-263 267-269 279-284 291-296 300-302 309-311 315-317 321-332 342-344 351-362 366-368 372-374 378-383 387-389 393-398 405-413 417-440 444-449 456-461 468-470 474-476 486-491 495-497 510-518 525-527 531-533 537-557 561-569 573-578 594-599 603-605 609-614 618-620 633-635 654-656 660-665 669-671 678-680 684-686 693-695 705-710 738-740 753-755 759-761 768-773 786-797 801-806 810-812 819-821 831-833 840-860 864-869 894-896 900-902 921-923 927-938 945-947 957-959 972-974 981-986 993-995 999-1013 1017-1019 1029-1037 1050-1052 1062-1067 1077-1079 1083-1085 1089-1091 1098-1103 1107-1109 1113-1115 1122-1124 1128-1130 1137-1163 1173-1184 1188-1208 1212-1217 1224-1226 1230-1232 1236-1244 1248-1250');
-            is(join(' ', $hsp->seq_inds('query', 'mismatch',1)), '22-27 37-45 52-54 58-69 88-96 127-135 148-150 154-156 178-180 190-192 217-219 226-234 241-249 253-261 265-267 277-282 289-294 298-300 307-309 313-315 340-342 349-360 364-366 370-372 376-381 385-387 391-396 403-411 418-438 442-447 454-459 466-468 472-474 484-489 493-495 508-516 523-525 529-531 535-555 559-567 571-576 592-597 601-603 607-612 631-633 652-654 658-663 667-669 676-678 682-684 691-693 703-708 736-738 751-753 757-759 766-771 784-795 799-804 808-810 817-819 829-831 838-858 862-867 892-894 898-900 919-921 925-936 943-945 955-957 970-972 979-984 991-993 997-1011 1015-1017 1027-1035 1048-1050 1060-1065 1075-1077 1081-1083 1087-1089 1096-1101 1111-1113 1120-1122 1126-1128 1135-1161 1171-1182 1186-1206 1210-1215 1222-1224 1228-1230 1234-1242');
+            is(join(' ', $hsp->seq_inds('query', 'mismatch',1)), '24-29 39-47 54-56 60-71 90-98 129-137 150-152 156-158 180-182 192-194 219-221 228-236 243-251 255-263 267-269 279-284 291-296 300-302 309-311 315-317 342-344 351-362 366-368 372-374 378-383 387-389 393-398 405-413 420-440 444-449 456-461 468-470 474-476 486-491 495-497 510-518 525-527 531-533 537-557 561-569 573-578 594-599 603-605 609-614 633-635 654-656 660-665 669-671 678-680 684-686 693-695 705-710 738-740 753-755 759-761 768-773 786-797 801-806 810-812 819-821 831-833 840-860 864-869 894-896 900-902 921-923 927-938 945-947 957-959 972-974 981-986 993-995 999-1013 1017-1019 1029-1037 1050-1052 1062-1067 1077-1079 1083-1085 1089-1091 1098-1103 1113-1115 1122-1124 1128-1130 1137-1163 1173-1184 1188-1208 1212-1217 1224-1226 1230-1232 1236-1244');
             is(join(' ', $hsp->seq_inds('hit', 'nomatch',1)), '2 3 7-9 12 14-17 24-26 37-39 44 46 54 58 67 70-72 75-77 79-81 83 87 88 91 92 94 97 99 104 106-108 110-113 115 117 119 120 122 124 125 128-130 132-138 140 141 144 145 148 150 154 155 157 162-164 167 169 171-177 179-181 183 184 190 191 193 195 196 202 209 211 212 214 217 219 222 226 227 237 242 244 247 248 253-256 258 259 261 264 268 271-277 279 280 289 291 298 300-303 306 310 315 318 319 322 324-331 333 337-339 344 348 349 353 355 357 360 361 364 367 369 372-380 384-387 389-395 397 398 401 403 405-407');
             is(join(' ', $hsp->seq_inds('hit', 'mismatch',1)), '2 3 7-9 12 14-17 24-26 37-39 44 46 54 58 67 70-72 75-77 79-81 83 87 88 91 92 94 97 99 104 110-113 115 117 119 120 122 124 125 128-130 132-138 140 141 144 145 148 150 154 155 157 162-164 167 169 171-177 179-181 183 184 190 191 193 195 196 202 209 211 212 214 217 219 222 226 227 237 242 244 247 248 253-256 258 259 261 264 268 271-277 279 280 289 291 298 300-303 306 310 315 318 319 322 324 325 329-331 333 337-339 344 348 349 353 355 357 360 361 364 367 369 372-380 384-387 389-395 397 398 401 403 405-407');
-            is(join(' ', $hsp->seq_inds('query', 'gaps',1)), '345 1002');
+            is(join(' ', $hsp->seq_inds('query', 'gaps',1)), '347 1004');
             is(join(' ', $hsp->seq_inds('hit', 'gaps',1)), '100 131 197 362 408');
             is($hsp->ambiguous_seq_inds, 'query');
             $hsps_left--;
@@ -620,7 +620,7 @@
             is(join(' ', $hsp->seq_inds('query', 'nomatch',1)), '2 3 7-9 12 14-17 24-26 37-39 44 46 54 58 67 70-72 75-77 79-81 83 87 88 91 92 94 97 99 101-104 108 111-114 116 118 120 121 123 125 126 129-131 133-140 142 143 146 147 150 152 156 157 159 164-166 169 171 173-179 181-183 185 186 192 193 195 197 198 200 205 212 214 215 217 220 222 225 229 230 240 245 247 250 251 256-259 261 262 264 267 271 274-280 282 283 292 294 301 303-306 309 313 318 321 322 325 327-331 333 337-339 344 348 349 353 355 357 360 361 363 365 368 370 373-381 385-388 390-396 398 399 402 404 406-408 410');
             is(join(' ', $hsp->seq_inds('hit', 'nomatch',1)), '4781-4786 4796-4804 4811-4813 4817-4828 4847-4855 4886-4894 4907-4909 4913-4915 4937-4939 4949-4951 4976-4978 4985-4993 5000-5008 5012-5020 5024-5026 5036-5041 5048-5053 5057-5059 5066-5068 5072-5074 5087-5089 5093-5101 5105-5116 5120-5122 5126-5128 5132-5137 5141-5143 5147-5152 5159-5167 5171-5191 5195-5200 5207-5212 5219-5221 5225-5227 5237-5242 5246-5248 5261-5269 5276-5278 5282-5284 5288-5308 5312-5320 5324-5329 5345-5350 5354-5356 5360-5365 5381-5383 5402-5404 5408-5413 5417-5419 5426-5428 5432-5434 5441-5443 5453-5458 5486-5488 5501-5503 5507-5509 5516-5521 5534-5545 5549-5554 5558-5560 5567-5569 5579-5581 5588-5608 5612-5617 5642-5644 5648-5650 5669-5671 5675-5686 5693-5695 5705-5707 5720-5722 5729-5734 5741-5743 5747-5770 5774-5776 5786-5794 5807-5809 5819-5824 5834-5836 5840-5842 5846-5848 5855-5860 5867-5869 5876-5878 5882-5884 5891-5917 5927-5938 5942-5962 5966-5971 5978-5980 5984-5986 5990-5998');
             is(join(' ', $hsp->seq_inds('query', 'gaps',1)), '109 328');
-            is(join(' ', $hsp->seq_inds('hit', 'gaps',1)), '5075 5168 5366 5861 5999');
+            is(join(' ', $hsp->seq_inds('hit', 'gaps',1)), '5077 5170 5368 5863 6001');
             is($hsp->ambiguous_seq_inds, 'subject');
             $hsps_left--;
         }




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