[Bioperl-l] bp_genbank2gff.pl bug

Scott Cain scott at scottcain.net
Thu Nov 10 11:55:53 EST 2011


Hi Angel,

Please keep correspondence on the mailing list.

I just ran bp_genbank2gff.pl with a genbank file (fruit fly mitocontria),
and it worked fine.  I suspect there is something wrong with your genbank
file.

Scott


On Thu, Nov 10, 2011 at 3:15 AM, Angel Zaballos <azaballos at isciii.es> wrote:

> His Scott,
>
> Thanks everyone for your help. I tried bp_genbank2gff3.pl, but the same
> happened:
>
> [root at localhost zaballos]# bp_genbank2gff3.pl babesiaChr3.gbk >
> babesichr3_2.gff
> Replacement list is longer than search list at
> /usr/share/perl5/Bio/Range.pm line 251.
> UNIVERSAL->import is deprecated and will be removed in a future perl at
> /usr/share/perl5/Bio/Tree/TreeFunctionsI.pm line 94
>
> However, the output file seems to be correct (Indeed, that was also the
> case for  bp_genbank2gff.pl). I then ran ldHgGene and worked:
>
> [zaballos at localhost ~]$ ./ldHgGene -out=babesiaChr3_2.gpe db tab
> babesiachr3_2.gff
> Reading babesiachr3_2.gff
> Read 4776 transcripts in 8821 lines in 1 files
>   4776 groups 1 seqs 1 sources 6 feature types
> 2379 gene predictions
>
> I'm using Fedora (for bioperl) and CentOS (for ldHgGene), virtualized on a
> Mac with Parallels. Maybe tis is the cause for such a message.
>
> Regards
>
>
> Ángel
>
>
> El 09/11/2011, a las 17:12, Scott Cain escribió:
>
> Hi Angel,
>
> I would suggest using bp_genbank2gff3.pl, as it is more actively
> maintained; the bp_genbank2gff.pl script hasn't really been touched in
> many years, and I imagine it's suffering from some serious code rot.
>
> Scott
>
>
> 2011/11/9 Angel Zaballos <azaballos at isciii.es>
>
>> Running bp_genbank2gff.pl got this:
>>
>> [root at localhost zaballos]# bp_genbank2gff.pl -stdout -accession
>> AAXT01000001.1 > babesichr3.gff
>> Replacement list is longer than search list at
>> /usr/share/perl5/Bio/Range.pm line 251.
>>
>>
>>
>> Ángel Zaballos
>> Unidad de Genómica
>> Centro Nacional de Microbiología-ISCIII
>> Carretera Majadahonda-Pozuelo, Km 2,2
>> 28220-Majadahonda
>>
>> Tel: 918223994
>> mail:  azaballos at isciii.es
>>
>>
>>
>>
>> ************************* AVISO LEGAL *************************
>> Este mensaje electrónico está dirigido exclusivamente a sus destinatarios,
>> pudiendo contener documentos anexos de carácter privado y confidencial.
>> Si por error, ha recibido este mensaje y no se encuentra entre los
>> destinatarios, por favor, no use, informe, distribuya, imprima o copie su
>> contenido por ningún medio. Le rogamos lo comunique al remitente y borre
>> completamente el mensaje y sus anexos. El Instituto de Salud Carlos III no
>> asume ningún tipo de responsabilidad legal por el contenido de este
>> mensaje
>> cuando no responda a las funciones atribuidas al remitente del mismo por
>> la
>> normativa vigente.
>>
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>> Bioperl-l mailing list
>> Bioperl-l at lists.open-bio.org
>> http://lists.open-bio.org/mailman/listinfo/bioperl-l
>>
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>
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> Scott Cain, Ph. D.                                   scott at scottcain
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> GMOD Coordinator (http://gmod.org/)                     216-392-3087
> Ontario Institute for Cancer Research
>
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> Ángel Zaballos
> Unidad de Genómica
> Centro Nacional de Microbiología-ISCIII
> Carretera Majadahonda-Pozuelo, Km 2,2
> 28220-Majadahonda
>
> Tel: 918223994
> mail:  azaballos at isciii.es
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> contenido por ningún medio. Le rogamos lo comunique al remitente y borre
> completamente el mensaje y sus anexos. El Instituto de Salud Carlos III no
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> cuando no responda a las funciones atribuidas al remitente del mismo por la
> normativa vigente.
>
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